Как уже отмечалось, программный комплекс WinRoute полностью совместим с двумя наиболее популярными сегодня VPN-протоколами: IP Security protocol (IPSec), предложенный Комитетом по инженерным проблемам Интернета (IETF), и Point-to-Point Tunneling protocol, завоевавший в последние годы популярность в результате включения его в клиентскую операционную систему Microsoft Windows.