Como se mencionó anteriormente, WinRoute dispone de la capacidad completa para pasar el tráfico de los dos protocolos de red privada virtual (VPN) más populares que se utilizan en la actualidad: el protocolo de seguridad IP (IP Security protocol, IPSec) propuesto por IETF, y el protocolo de túnel punto a punto, que se ha popularizado en los últimos años debido a su inclusión en el software del sistema operativo cliente Windows de Microsoft.