Von WinRoute unterstützte Protokolle sind:

Die Fähigkeit, ICMP-Quelltypen oder IP-Quellprotokolle zuzulassen oder zu blockieren, ist für Netzwerkadministratoren, die mit einer immer länger werdenden Liste von zu unterstützenden Anwendungsanforderungen konfrontiert sind, von unschätzbarem Wert. Besonders relativ neue VPN-Protokolle wie IPSec werden über IP-Protokolle 51 und 52 geleitet. Diese sind mit einem der eingeschränkteren Firewall-Produkte, die sich heute auf dem Markt befinden, nicht zu filtern, da sie nur auf TCP und UDP basierende Protokolle kontrollieren können.